Narava je poskbela za svoje samoočiščenje tako, da se vse naravno proizvedene snovi s pomočjo mikroorganizmov razgradijo. Tudi reke se na ta način očitijo, kar imenujemo samočistilna sposobnost rek in jezer. To zmožnost naravnega samočiščenja čistilne naprave posnemajo, tako da v bazenih, kjer se zadržuje odpadna voda vzdržujejo visoko koncentracijo mikroorganizmov.

Mešanici odpadne vode in mikroorganizmov na čistilni napravi pravimo aktivno blato. Aktivno blato sestoji iz miljard mikroorganizmov (bakterij, gliv, protozoa, metazoa, praživali), ki jim odpadna voda predstavlja vir hrane za preživetje in razmnoževanje.

Simulacija aktivnega blata v aeracijskem bazenu (desni merilni valj) in sekundarnem usedalniku (levi valj). Aktivno blato se usede na dno, zgornji bistri del pa predstavlja očiščeno odpadno vodo.